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植物保护学科是甘肃省省级重点学科，现设植物病理系、昆虫学系和农药学系。有植物保护本科专业，植物病理学、农业昆虫与害虫防治、农药学、作物保护4个硕士学位授权点和作物保护博士学位授权点，1个农业推广硕士专业学位（植物保护领域）授权点，是甘肃省自学考试植物保护专业应用型专科和植物保护与检疫专业本科的主考单位，基本形成了本科教育、研究生教育和成人教育相结合的多层次多规格办学格局。